旺丹尼玛返旗后，旋即向旗民宣传孙中山的民主革命主张，介绍内蒙古各地反对满清专制王朝的斗争，号召牧民群众继续发展独贵龙运动，反对封建王公放垦土地。但是，王公贵族却把旺丹尼玛的正义行动诬蔑为“煽动旗民，扰乱地方”；他们疯狂地扑灭群众的斗争火焰，残酷地镇压独贵龙运动。鉴于这种形势，旺丹尼玛被迫再次离开札旗。

1908年，旺丹尼玛与杭锦旗的独贵龙首领昌汉卜罗、查干宝劳德和达拉特旗的那木其劳等会合，发动领导杭锦、达拉特和阿拉善东部地区的牧民群众，壮大了独贵龙势力，增强了反抗封建统治的力量。经过数年的斗争，旺丹尼玛深深体会到要想巩固和发展独贵龙运动的成果，有力地打击敌人，必须组织武装力量。在他的倡导下，这些地区的独贵龙组织积极扩充武装，很快搜集起火枪步枪百余支，组建起一支拥有2百余人的革命武装。时至1912年，旺丹尼玛率领“独贵龙”武装，同掠夺蒙古民族人民的耕地、牧场和牲畜的官僚政客、军商大地主等反动势力展开了殊死的战斗，沉重地打击了封建王公和汉人军商大地户的反动统治。因而引起了敌人更加仇视的围剿。

1913年7月，宁夏总兵马福祥设下圈套——以“共商要务”为幌子，在五原“汇德成”商号南端的黄河船上宴请独贵龙首领，诱捕了旺丹尼玛、昌汉卜罗等10人，顺流急驶东去。独贵龙群众焦急万分，从岸上开枪射击营救，追赶90多里，旺丹尼玛等仍未脱险，终于落入马福祥之手。马福祥把旺丹尼玛等押到包头，又解交山西阎锡山处，关押在太原监狱，严刑拷打。旺丹尼玛宁死不屈，痛骂阎锡山残酷镇压蒙古民族的罪恶行径，表现了他英勇顽强的气概。阎氏反动派恼羞成怒，杀害了昌汉卜罗等7人。因为旺丹尼玛是活佛，在蒙古民族中享有神圣不可侵犯的权威，反动当局为避免激起蒙古民族更大的义愤，未敢杀害，便无可奈何地将旺丹尼玛押解交给了军阀段祺瑞执政府。段氏为欺骗舆论，掩盖罪恶，以僧侣代表的名义将旺丹尼玛接到北京，委以陆军“顾问”，软禁在安定门外肖家胡同6号。