1860年后，外国教会和传教士大批涌进中国腹地、边疆、穷乡僻壤。起先是比利时、荷兰两国天主教传教士来到鄂托克旗小桥畔（今属陕西），向当地牧民廉价购地50顷，于1875年建造了小桥畔教堂，继而又在史羊湾购地百顷，建造了教堂。接着，洋教士们深入到乌审旗雷龙湾和鄂托克旗克丑尔购地发展势力，引起蒙古民族的强烈反抗。

 早在1874年，有个叫沙木腾金巴的藏族喇嘛去五台山朝拜，途经察哈尔西湾子（今河北崇礼县）教堂，面晤了天主教传教士。双方通过辩论，金巴背弃了黄教，皈依了天主教。于是，金巴到了归绥城（今呼和浩特），见到了巴耆贤主教。巴主教派遣德明玉、费尔林敦（亦称费林登或费永怀）两名传教士，依托金巴领上途经托克托、准格尔、乌审，来到柳贵湾冯家伙场作弥撒。那里居住着五六户汉族教徒，又吸收了三户蒙古族入了教。

 翌年，德、费两个传教士深入鄂托克旗苏坝海则东北面的尔的尼扎达亥海子盖起三间柳笆房当教堂，又来了个司福音的传教士，由费尔林敦任主教，进行了传教和“患难相济”的活动。到了1876年，教民发展到30户，又从陕北移来汉民6户，当了随旗蒙古人，也入了教。

 1877年，陕北遭受旱灾，许多贫苦灾民逃荒到鄂托克旗，他们依靠教堂施舍，为了度过灾荒，入了教，当时入教人数达百余户。翌年年景好转，教民纷纷退教，教徒逐日减少，后来只剩下30余户。洋教士虽然受挫，但仍不死心。他们又变换手段，从蒙民手中廉价租上荒地，又派闵玉清传教士购买回百余头耕牛，遂将土地、耕畜租佃给教民耕种。这种办法方可生效。当年就吸收了从青海迁来的几十户蒙民入了教。同时在沙木腾金巴的影响下，喇嘛巴岱、普日布、哈拉吉岱等也先后入了天主教。

 1882年，司福音传教士在城川古城（唐代宥州城遗址）内盖起土木结构的房舍20间，又在旧城墙上挖了些窑洞，建立起主教堂。教徒增加到40户。至1898年，传教士们又在鄂旗克泊尔郝金善伙场、乌审旗花尔滩左近的小石砭建立了两座教堂，均属城川主教堂区管辖。据说，乌审协理儒勒玛扎布的侄儿朋斯克道尔吉因为打死一名小孩，跑到天主堂以自己的家业建造了小石砭教堂。这样，天主教在内蒙古地区鄂、乌两旗建立了三处教堂。传教有了基础，教规也严格了，例如入教要有人作证，婚配由神甫主持，婚龄限在男15岁，女14岁，不准与外教信徒婚配，政权不得干涉教务等。从此，人们或为了生计，或为了躲避政令、兵役、诉讼、处罚而入教，教堂可以包庇你终身无事。

 洋教堂立足稍稳，便肆意敲诈勒索。譬如1895年小桥畔教堂的传教士闵玉清借口一个疯子闯入教堂打坏了祭台、圣像，胁迫鄂旗王府赔偿一大块土地作为了结。

 1900年，高举着“扶清灭洋”旗号的义和团、红灯照的势力发展到陕北三边一带，它是一种反洋教赶洋人的群众组织。夏天，从陕北来了一位“青山道人”和两位姓王的女子，他们自称是义和团、红灯照，先在柠条梁、后到柳贵湾，宣传若要加入义和团、红灯照者，可使“刀枪莫入”、“灭洋”有方；他们手持扇、口念经，教人以拳棒。说扇子所向无敌，拳棒所向披靡。这样很快组织起一支四五十人的义和团和一支二三十人的娘子军。团民和娘子军的人们暗自搜集长矛、大刀、火枪、九节雷等武器，准备攻打小桥畔教堂。同时，蒙古地区的管旗章京宝日、其劳两人在鄂、乌两旗独贵龙运动的影响下，也组织起两支约2百人的独贵龙队伍，要赶走城川、小石砭等教堂的洋人。农历六月间，反洋教的风声不断传来，传教士们慌忙领着一部分教徒躲藏到小桥畔教堂寨城。七月十五日，义和团、红灯照的人们在柳贵湾杀死一名老教徒，用血祭祷之后，去围攻小桥畔教堂。但因双方武器悬殊，义和团、红灯照方面伤亡10余人，他们只有刀、矛、弓箭和火砂枪，而洋人方面则配备有老毛瑟步枪的20余人，其中有五六名枪法准确的蒙古人，所以只得撤围。七月十八日，义和团、红灯照、“独贵龙”联合起来，再次攻打小桥畔教堂。这时，鄂、乌两旗的札萨克摄于义和团和“独贵龙”的声势，并欲驱逐洋教所带来的西方思想文化的侵蚀，也派官府军700余众参加了战斗。围攻小桥畔教堂的人数达到数千人，许多妇女和儿童也参加了战斗。他们连续围攻40余天，火枪火炮都用上了，未能攻破寨城。但在围攻期间，打死一名比利时传教士（叶司铎）（亦说比籍传教士闫神甫被击毙于横山县油房头村）和负隅顽抗的教徒两名，放火烧毁了柠条梁、小石砭、克泊尔、城川四座教堂。义和团、红灯照、“独贵龙”方面只丢失了两名小孩。而正当蒙汉人民与洋人酣战之际，慈禧太后同光绪皇帝于九月八日发布了所谓“剿匪上谕”，命令各路清军“会剿拳匪”，并祈求八国联军“助剿”。因此，鄂、乌两旗的参战官兵又反过来阻挠“独贵龙”和义和团围攻教堂。义和团和独贵龙队伍又响亮地提出了“反清灭洋”的口号，英勇战斗。但终因整个义和团运动被腐败无能的清政府所镇压，致使蒙汉人民的这场自发的反侵略斗争撤围自散，遂告失败。